Osim što mogu izgubiti bodove svog doma, ozbiljna se "nedjela" u Hogwartsu, naravno, kažnjavaju.

Prema školskom pazikući, Argusu Filchu, kazne znače podvrgavanje raznim oblicima mučenja koje su kroz povijest bile prilično popularne, ali u današnje vrijeme kazne u Hogwartsu obično uključuju pomaganje nekom profesoru. Ironično, u prvoj su knjizi učenici koji su uhvaćeni kako noću lutaju hodnicima dvorca svoju kaznu odradili također noću i to u puno opasnijoj Zabranjenoj šumi.

Za još ozbiljnije prekršaje učenici mogu biti isključeni ili čak izbačeni iz Hogwartsa. Harryju Potteru prijetilo je izbacivanje iz škole na početku pete godine kad je Ministarstvo magije otkrilo da je bacio čaroliju u blizini bezjaka što je ozbiljan prekršaj u čarobnjačkoj zajednici. Ravnatelj Albus Dumbledore stao je u Harryjevu obranu i ustvrdio da Ministarstvo nema pravo izbacivati učenike - tu moć imaju samo ravnatelj i odbor guvernera.

Čini se da profesori mogu slobodno (do jedne mjere) kažnjavati učenike čak i za nezadovoljavajuće ocjene. Ponašanje po pravilima i kućnom redu izvan učionica nadgleda ili se barem iz petnih žila trudi, Filch, uz pomoć prefekta. Glavni prefekt i prefektica obično imaju posljednju riječ što se takvih disciplinarnih mjera tiče.